پس از آن خوزستان به دست سلسله آل مظفر فارس افتاد و شاه شجاع آل مظفر مدتی در شوشتر بسر برده و در این شهر جنگهایی نموده است . چندی بعد ، در سال 796 هجری قمری امیر تیمور به دزفول و شوشتر وارد و این دو شهر را بتصرف در آورد . صاحب روضه الصفا در این باره چنین مینگارد :

«حضرت صاحبقران چون در موضع دزفول نزول نمود ، دهدار شمس الدین سعادت دستبوس حاصل نمود بیست هزار خروار نقره به رسم پیشکش تسلیم خازنان و آن حضرت از دزفول نهضت فرموده متوجه تستر شد .... حضرت صاحبقران خواجه محمد سبزواری را به حکومت تستر باز داشت .»

در مسافرت به دزفول ، امیر تیمور کراماتی از سید سلطانعلی رود بند دید و بشفاعت او اسرایی از الوار را که همراه خود به دزفول آورده و در صدد قتل عام آنان بود در شمال دزفول سکنی داد و اکنون اعقاب آنان به نام سیاهپوش معروفند . تا آخر دوره تیموریان خوزستان جزء متصرفات آنان بود .

در اواخر دوره تیموری ، سید محمد مشعشعی با شیخ محمد جزری شافعی که از طرف خاندان تیمور در شوشتر جای گرفته و بر خوزستان حکومت می کرد به جنگ پرداخته و واسط و هویزه و خوزستان را از چنگ او بدر آورد از آن پس تمام خوزستان در دست مشعشعیان بود تا در سال 944 هجری قمری شاه اسماعیل صفوی از عراق عرب به طرف هویزه رفت و پس از برچیدن بساط سلطنت سلطان فیاض پادشاه مشعشعی به جانب دزفول و شوشتر عطف عنان نمود . این شهریار شیخ محمد بن ملا قوام الدین رعناشی را به امارت دزفول و برادرش حاجی محمد را به حکومت شوشتر منصوب ساخت . بعدها خلیل الله بن شیخ محمد عم خویش را مقتول و خود حاکم دزفول و شوشتر گشت . شاه طهماسب ( 984 – 930 ) مدتها سید فاضل میر عبدالوهاب بن میر اسدالله از سادات مرعشی شوشتر را حاکم شرع و عرف دزفول نمود .

در سال 1042 هجری قمری زمان شاه عباس دوم ، واخشتو نامی که از سرداران گرجی تبار صوفیه و مردی نیک اندیش و علاقه مند به عمران و آبادی بود والی خوزستان شد . او و خاندانش بیش از یک صد سال در خوزستان حکومت کردند . پس از او پسرش اصلان خان و بعد از وی بیجن خان نواده واخشتو خان حاکم شوشتر شد . از یادگارهای اصلان خان پسر واخشتو خان در دزفول کاریزی ( قمش ) بود که از چهار فرسنگی شمال شهر آب دز جدا میشد و در جنوب شهر مزرعه قمش اصلان آباد را مشروب می ساخت . در سال 1126 هجری قمری بیجن خان از حکومت معزول و عبدالله خان نواده دیگر واخشتو خان حاکم شوشتر شد . چنانکه در تذکره دزفول آمده در این اوان مسجد لب خندق دزفول ساخته شد . در سال 1134 هجری قمری در آخرین روزهای حکومت صفویه ، حاج محمد خان بن کلبعلی خان بن واخشتو خان حاکم شد و به دزفول آمد . تاریخ پانصد ساله خوزستان مینویسد :

« در سال 1135 هجری قمری که اصفهان به دست افاغنه افتاد شاه طهماسب دوم در قزوین به پادشاهی نشست و بیجن خان سابق الذکر از طرف او حاکم کهگیلولیه و ابوالفتح خان پسر بیجن خان حاکم شوشتر شد و این شخص مهر علی بیک بن کلبعلی خان بن واخشتو خان را حکومت دزفول داد . در این میان در سال 1137 شخصی از مرم بختیاری یا شوشتر خود را به نام صفی میرزا پسر شاه سلطان حسین نامید و به ادعای سلطنت برخاست و بساط حکومت در شوشتر و کهگیلویه راست کرد و در نتیجه فتنه ای به پا خواست که تا در آمدن نادر ( 1140 ) بطول انجامید . در آن هنگام حکومت شوشتر به دست اسفندیار بیک نامی بود که در تواریخ از او به نیکی یاد کرده اند این شخص تا سال 1142 که نادر برای اولین بار به خوزستان آمد حکومت کرد و پس از آن مطیع نادر گشت »

چون کمی بعد اسفندیار بیگ در گذشت ، نادر مجدداً ابوالفتح خان را حکومت شوشتر داد ولی چندی پس از آن هنگامی که نادر سر گرم جنگ با قوای عثمانی بود و بغداد را در محاصره داشت فرمان حکومت شوشتر و دزفول را به نام عباسقلی بیگ بن مرتضی بیگ که وکیل مالیات این حدود بود صادر نمود .

اندک زمانی بعد نادر در جنگ با عثمانی ها شکست خورد ( در ناحیه کرکوک در عراق ) و ابوالفتح خان به تحریک عده ای از سرداران نادر ، شورشی در شوشتر براه انداخت . در این ماجرا مردم دزفول به وسیله پیکی که خود دزفولی و مأمور رساندن خبر دروغ کشته شدن نادر و ایجادآشوب بود حقیقت را دریافتند و در شورش شرکت نکردند . نتیجه آن شد که نادر پس از جبران شکست های اولیه خود از عثمانیها و با آسودگی خیال به قصد تنبیه سرکشان درسال 1146 هجری قمری به خوزستان آمد و قتل عام و غارت عجیبی در شوشتر براه انداخت ولی مردم دزفول به یمن تدبیر عباسقلی بیک حاکم و به پاداش عدم دخالت در شورش مردم شوشتر از قهر فاتح افشاری در امان ماندند .

عباسقلی بیگ تا آخر دوره افشاریه حاکم دزفول و شوشتر بود . بر عکس در زمان کریم خان زند ، مردم دزفول به رقیب او علی مردانخان بن علی حیدر و سپس به زکی خان که رانده درگاه کریم خان بود نزدیک شدند و شاید با کمک اعراب آل کثیر در صدد ایجاد بلوایی بودند که کریم خان در سال 1178 به دزفول آمد و قتل عام و غارتی براه انداخت که بقول مؤلف تذکره دزفول :

« تاریخ آمدن کریم خان به بلده دزفول عالمی خراب کرد »

متعاقب آن قحطی و طاعون وحشتناکی شهر را فرا گرفت . در سال 1185 بنا به نوشته مرحوم سید علی بن سید مرتضی در مقدمه کتاب مصباح المجتهدین حاکم این شهر خواجه ابوالقاسم بیکا نام داشت که مردی متّقی وزاهد بوده است .

در اوایل عهد قاجار ، در زمان فتحعلیشاه،شیخ مهدی بن شیخ محمد رضا از خاندان شیخ الاسلام عاملی چند سالی حاکم شوشتر و دزفول بود و در شب 28 رمضان 1220 به دست دشمنانش کشته شد . برادر ایشان شیخ احمد بن شیخ محمد رضا در آن هنگام شیخ الاسلام و حاکم شرع دزفول بودند . پس از آن در سال 1221 حکومت خوزستان همراه با کرمانشاهان از طرف فتحعلیشاه به فرزندش محمد علی میرزا دولتشاه سپرده شد . و او نیز به ترتیب مهر قلیخان بن مصطفی خان دولو ، محمد خان و محمد صالح خان مکری ( بانی قلعه صالح آباد که نام پیشین اندیمشک است ) را از طرف خود برای حکومت دزفول تعیین نمود .

پس از مرگ دولتشاه به سال 1237 حکومت خوزستان و نواحی دیگر غربی ایران به برادرش حسام السلطنه محمد تقی میرزا واگذار شد . حاکم بعدی محمد حسین میرزا حشمت الدوله فرزند دولتشاه بود که در سال 1245 به حکومت کرمانشاه و خوزستان رسید و از طرف او برادرش اسداله میرزا خوزستان را اداره می کرد .

فتحعلیشاه در سال 1244 از راه شیراز به بهبهان و شوشتر و بلاخره در سال 1246 به دزفول آمد و پنج روز در این شهر ماند . در این سال حجه الاسلام آقا شیخ محسن ( جد اعلای خاندان معزی ) رسماً مجتهد بزرگ دزفول شناخته شد و به نشر علوم دینیه و ترویج احکام شرعی و امر به معروف و نهی از منکر پرداخت .

در سال 1250 محمد شاه برادر خود بهرام میرزا معزالدوله را فرمانروای غرب ایران نمود ، در زمان او شورش هایی در خوزستان روی داد که بوسیله ارتشی که توسط افسران انگلیسی از جمله راولنیسن ( مستشرق و دیپلمات معروف که بعداً سفیر انگلیس در تهران شد ) تربیت شده بود سرکوب گردید و راولنیسن به همین منظور به شوشتر آمد

در سال 1252 بهرام میرزا معزول و منوچهر خان معتمدالدوله گرجی الاصل حاکم کرمانشاه و خوزستان و اصفهان و بختیاری گردید . این شخص یکی از حکام مقتدر و مستبد دوره قاجار است . او توانست شورش جدایی خواهانه محمد تقی خان چهار لنگ را که دامنه وسیعی گرفته و در شوشتر و دزفول هوا خواهانی پیدا کرده بود با شدت و قساوت سرکوب کند . شدت عمل او آنچنان بود که مناطق بسیاری از قراء شوشتر و دزفول خالی از سکنه شد . برادر او سرتیپ سلیمان خان سهام الدوله در سال 1257 به دزفول آمد ، سلیمان خان تا آن هنگام به آیین مسیح بود ولی با کراماتی که از مرحوم سید صدر الدین کاشف عارف بزرگوار دید به دست او به دین مبین اسلام مشرف گردید و از خود آثاری در دزفول به یادگار گذاشت که اگر چه غالباً از بین رفته ولی هنوز چند تایی از آن وجود دارد .

خانلر میرزا احتشام الدوله در سال 1267 حاکم دزفول شد و در زمان او 1273 جنگ ایران و انگلیس در خرمشهر ( محمره ) اتفاق افتاد در آن جنگ بر اثر سوء تدبیر این شاهزاده ارتش ایران شکست ناگواری را تحمل نمود . در واقع خود شاهزاده در خرم آباد نشسته و خوزستان را به پسرش ابراهیم میرزا سپرده بود .

حاکم بعدی حاج علیخان ضیاء الملک ( حاجب الدوله ) بود که در سال 1278 حاکم خوزستان شد و همراه پسـر خود صنیع الدوله ( اعتماد السلطنه بعدی از رجال و دانشمندان دوره ناصری ) مدتی در شوشتر و خوزستان بودند . بعد از آن در سال 1282 محمد ناصر خان ظهیر الدوله ( پدر صفا علیشاه عارف مشهور ) حاکم خوزستان بود . بعداً حکومت خوزستان بعهده میرزا فتحعلی خان صاحب دیوان شیرازی از خانواده قوام الملک قرار گرفت و در سال 1287 میرزا زکی مستوفی آشتیانی ملقب به ضیاء الملک حاکم خوزستان بود . پس از آن در سال 1288 یحیی خان معتمد الملک ( برادر میرزا حسین خان سپهسالار ) حاکم خوزستان گردید و بعد از او در سال 1289 حمزه میرزا حشمت الدوله حاکم خوزستان شد . در سال 1299 هجری قمری حاکم خوزستان نواب احتشام السلطنه بود . از آن پس حکومت خوزستان به ظل السلطان رسید که از طرف خود شخصی بنام مظفر الملک را برای اداره امور آن گمارده بود .

از سال 1305 تا 1308 هجری قمری حسینقلی خان نظام السلطنه ما فی حاکم خوزستان بود . این شخص از معدود والیان دوره قاجار است که به خود زحمت آمدن به خوزستان را داد و در آبادی و عمران این سرزمین تا آنجا که توانست کوشید و نام نیکی از خود به یادگار گذاشت .

در سال 1309 هجری قمری حاکم خوزستان حاج غلامرضا خان آصف الدوله شاهسون ( شهاب الملک ) بود . نظام السلطنه بار دیگر از سال 1312 تا 1314 هجری قمری حاکم خوزستان شد و در این سال جای خود را به میرزا احمد خان علاء الدوله از درباریان متکبر و مغرور قاجار داد . چون در آن زمان ناراحتی هایی در شوشتر بروز نموده بود علاء الدوله می خواست ضرب شصت و شدت عملی نشان دهد و حتی قصد به توپ بستن شهر را داشت اما مقاومت مردم و رهبری علمای شوشتر و دزفول نقشه او را عقیم نمود و پس از مدت کوتاهی با ناکامی ناچار به ترک خوزستان شد .

پس از علاء الدوله در همان سال 1314 هجری قمری ساعد السلطنه همدانی ( سردار اکرم قراگوزلو ) حاکم خوزستان شد . این شخص آرامگاه مرحوم سید عبد الله داعی را در دزفول تجدید بنا نمود که هنوز باقی است . در سال های 1316 و 1320 هجری قمری حکومت خوزستان با شاهزاده عین الدوله بود که با سخت گیری و روحیه مستبد خود توانست نظم و تمشیتی به امور دهد .